昆山出口加工区位于昆山经济技术开发区南部，东距上海50公里，西邻苏州35公里。
航空
上海虹桥机场（距45公里），上海浦东机场（距100公里），设有机场路。
港口
上海港（中国最大港口，距离60公里）张家港（距100公里）太仓浏家港（距35公里）货物经区内水道达以上各港口可直接出口。
铁路
京沪铁路穿越开发区，并在区内设有二等客货运输站。
公路
区域内公路网健全，沪宁高速公路，机场路，312国道，穿越开发区。